Im Jahr 1948 erhielt Guggenheim die Einladung, ihre Kunstsammlung auf der Biennale von Venedig auszustellen. Sie wurde im griechischen Pavillon, der wegen des Bürgerkriegs leerstand, präsentiert. Im selben Jahr hatte sie den unvollendeten Palazzo Venier dei Leoni am Canal Grande mit Garten aus dem 18. Jahrhundert erworben und umbauen lassen. Seit 1949 nutzte sie ihn zugleich als Wohnung und als gelegentlichen Ausstellungsraum ihrer Sammlung, der bereits ab 1951 in den Sommermonaten der Öffentlichkeit zugänglich war.
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Peggy Guggenheim verstarb 1979. Ihr Grab und das Grab ihrer geliebten Hunde, Lhasa-Dogs, befinden sich auf dem Gelände des Museumgartens (später Nasher Sculpture Garden genannt) in Venedig. In den Räumen des Palazzo ist seit 1980 das Museum Peggy Guggenheim Collection untergebracht, das weiterhin ihre Sammlung ausstellt.
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